taxonomyId	shortName	source
56636	Aeropyrum pernix	NCBI
181661	Agrobacterium tumefaciens C58	NCBI
180835	Agrobacterium tumefaciens C58 (UW)	NCBI
224324	Aquifex aeolicus VF5	NCBI
2234	Archaeoglobus fulgidus	NCBI
198094	Bacillus anthracis str. Ames	NCBI
226900	Bacillus cereus ATCC 14579	NCBI
86665	Bacillus halodurans	NCBI
1423	Bacillus subtilis	NCBI
226186	Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482	NCBI
206672	Bifidobacterium longum NCC2705	NCBI
224326	Borrelia burgdorferi B31	NCBI
375	Bradyrhizobium japonicum	NCBI
29459	Brucella melitensis	NCBI
204722	Brucella suis 1330	NCBI
107806	Buchnera aphidicola str. APS	NCBI
224915	Buchnera aphidicola str. Bp	NCBI
198804	Buchnera aphidicola str. Sg	NCBI
197	Campylobacter jejuni	NCBI
190650	Caulobacter crescentus CB15	NCBI
83560	Chlamydia muridarum	NCBI
813	Chlamydia trachomatis	NCBI
227941	Chlamydophila caviae GPIC	NCBI
115711	Chlamydophila pneumoniae AR39	NCBI
115713	Chlamydophila pneumoniae CWL029	NCBI
138677	Chlamydophila pneumoniae J138	NCBI
194439	Chlorobium tepidum TLS	NCBI
1488	Clostridium acetobutylicum	NCBI
1502	Clostridium perfringens	NCBI
212717	Clostridium tetani E88	NCBI
196164	Corynebacterium efficiens YS-314	NCBI
196627	Corynebacterium glutamicum	NCBI
227377	Coxiella burnetii RSA 493	NCBI
1299	Deinococcus radiodurans	NCBI
207559	Desulfovibrio desulfuricans G20	JGI*
881	Desulfovibrio vulgaris	TIGR
891	Desulfuromonas acetoxidans	JGI*
226185	Enterococcus faecalis V583	NCBI
199310	Escherichia coli CFT073	NCBI
83333	Escherichia coli K12	NCBI
83334	Escherichia coli O157:H7	NCBI
155864	Escherichia coli O157:H7 EDL933	NCBI
190304	Fusobacterium nucleatum, ATCC25586	NCBI
28232	Geobacter metallireducens	ORNL*
243231	Geobacter sulfurreducens PCA	D. Lovely
71421	Haemophilus influenzae Rd KW20	NCBI
64091	Halobacterium sp. NRC-1	NCBI
85962	Helicobacter pylori 26695	NCBI
85963	Helicobacter pylori J99	NCBI
220668	Lactobacillus plantarum WCFS1	NCBI
1360	Lactococcus lactis subsp. lactis	NCBI
189518	Leptospira interrogans, 56601	NCBI
1642	Listeria innocua	NCBI
169963	Listeria monocytogenes EGD-e	NCBI
381	Mesorhizobium loti	NCBI
2190	Methanocaldococcus jannaschii	NCBI
190192	Methanopyrus kandleri AV19	NCBI
188937	Methanosarcina acetivorans C2A	NCBI
192952	Methanosarcina mazei Goe1	NCBI
187420	Methanothermobacter thermautotroph.	NCBI
1769	Mycobacterium leprae	NCBI
83331	Mycobacterium tuberculosis CDC1551	NCBI
83332	Mycobacterium tuberculosis H37Rv	NCBI
233150	Mycoplasma gallisepticum R	NCBI
2097	Mycoplasma genitalium	NCBI
28227	Mycoplasma penetrans	NCBI
2104	Mycoplasma pneumoniae	NCBI
2107	Mycoplasma pulmonis	NCBI
122586	Neisseria meningitidis MC58	NCBI
122587	Neisseria meningitidis Z2491	NCBI
228410	Nitrosomonas europaea ATCC 19718	NCBI
103690	Nostoc sp. PCC 7120	NCBI
182710	Oceanobacillus iheyensis	NCBI
747	Pasteurella multocida	NCBI
208964	Pseudomonas aeruginosa PAO1	NCBI
160488	Pseudomonas putida KT2440	NCBI
223283	Pseudomonas syringae	NCBI
13773	Pyrobaculum aerophilum	NCBI
29292	Pyrococcus abyssi	NCBI
186497	Pyrococcus furiosus DSM 3638	NCBI
53953	Pyrococcus horikoshii	NCBI
305	Ralstonia solanacearum	NCBI
781	Rickettsia conorii	NCBI
782	Rickettsia prowazekii	NCBI
90370	Salmonella enterica, Typhi	NCBI
209261	Salmonella enterica, Typhi Ty2	NCBI
99287	Salmonella typhimurium LT2	NCBI
211586	Shewanella oneidensis MR-1	NCBI
198215	Shigella flexneri 2a str. 2457T	NCBI
198214	Shigella flexneri 2a str. 301	NCBI
382	Sinorhizobium meliloti	NCBI
158878	Staphylococcus aureus, Mu50	NCBI
196620	Staphylococcus aureus, MW2	NCBI
158879	Staphylococcus aureus, N315	NCBI
176280	Staphylococcus epidermidis	NCBI
208435	Streptococcus agalactiae 2603V/R	NCBI
211110	Streptococcus agalactiae NEM316	NCBI
210007	Streptococcus mutans UA159	NCBI
171101	Streptococcus pneumoniae R6	NCBI
170187	Streptococcus pneumoniae TIGR4	NCBI
160490	Streptococcus pyogenes M1 GAS	NCBI
198466	Streptococcus pyogenes MGAS315	NCBI
186103	Streptococcus pyogenes MGAS8232	NCBI
193567	Streptococcus pyogenes SSI-1	NCBI
227882	Streptomyces avermitilis MA-4680	NCBI
100226	Streptomyces coelicolor A3(2)	NCBI
2287	Sulfolobus solfataricus	NCBI
111955	Sulfolobus tokodaii	NCBI
84588	Synechococcus sp. WH 8102	JGI*
1148	Synechocystis sp. PCC 6803	NCBI
119072	Thermoanaerobacter tengcongensis	NCBI
2303	Thermoplasma acidophilum	NCBI
50339	Thermoplasma volcanium	NCBI
197221	Thermosynechococcus elongatus BP-1	NCBI
2336	Thermotoga maritima	NCBI
160	Treponema pallidum	NCBI
203267	Tropheryma whipplei str. Twist	NCBI
218496	Tropheryma whipplei TW08/27	NCBI
2130	Ureaplasma urealyticum	NCBI
666	Vibrio cholerae	NCBI
223926	Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633	NCBI
216895	Vibrio vulnificus CMCP6	NCBI
36870	Wigglesworthia glossinidia	NCBI
190486	Xanthomonas axonopodis	NCBI
190485	Xanthomonas campestris	NCBI
160492	Xylella fastidiosa 9a5c	NCBI
183190	Xylella fastidiosa Temecula1	NCBI
214092	Yersinia pestis CO92	NCBI
187410	Yersinia pestis KIM	NCBI